Вологодское отделение Союза охраны птиц России было создано 25 апреля 1998 года.
У истоков создания отделения стояли ученые (А. А. Шабунов, к.б.н, В. В. Брунов, к.г.н) и педагоги образовательных учреждений Вологодчины – выпускники Вологодского государственного университета (в то время –естественно-географического факультета Вологодского государственного педагогического университета – А. А. Волков, О. М. Барболина, О. А. Коковина, С. В. Шадрунов); Дарвинского государственного природного биосферного заповедника – А. В. Кузнецов, к.б.н.; сотрудники Вологодского музея-заповедника – В. И. Никифоров, Е. В. Дробышева. Первый председатель отделения – Александр Адольфович Волков.
Члены Вологодского отделения активно участвуют в массовых акциях Союза: «Покормите птиц», «Весна идёт!», в осенних днях учёта наблюдений птиц, в акции «Птица года», в среднезимних днях учета зимующих водоплавающих, акции «Соловьиные вечера». Организуются творческие конкурсы для детей и взрослых.
Проводятся лекции, выступления по телевидению и радио, выходят интернет-публикации и публикации в периодической печати.
Члены отделения принимали и принимают участие в экспедициях по созданию особо охраняемых природных территорий в Вологодской области, принимали активное участие в разработке и создании Красной Книги Вологодской области, участвуют в научных конференциях, проводят обучающие семинары для школьников и педагогов.
Коллективные члены Союза - Национальный парк "Русский север", отдел природы Вологодского историко-художественного и архитектурного музея-заповедника – проводят интересные мероприятия и акции, направленные на охрану, изучение птиц. Так на территории национального парка совместно с Дарвинским заповедником проходила установка искусственных гнездовий – платформ для хищных птиц – орлана белохвоста и скопы. Совместно с общественными организациями – установка платформ для наблюдения за гнездами скопы. В отделе природы музея-заповедника проходят мероприятия, выставки, приуроченные ко Дню птиц, встречи с учеными-орнитологами.
Отделение сотрудничает с Вологодским региональным отделением Русского географического общества – совместно проведены мероприятия по наблюдению и фотографированию орлана-белохвоста, Осенним дням наблюдений птиц. Ведется активное сотрудничество со школьными лесничествами области.